中国煤炭科工集团南京设计研究院，始建于1964年，原名水城煤矿设计研究院。1973年迁址山东，更名为煤炭工业部兖州煤矿设计研究院。1995年10月成建制搬迁至江苏南京，更名为煤炭工业部南京设计研究院。1998年7月，成为以北京煤炭设计研究院（集团）为核心企业的中煤工程设计咨询集团成员单位。2002年1月更名为中煤国际工程集团南京设计研究院。2008年4月，国务院国资委重组中煤国际工程设计研究总院和煤炭科学研究总院，成立了中国煤炭科工集团有限公司，南京设计院成为集团公司的全资子企业。2011年6月，与煤炭科学研究总院南京研究所联合重组，组建新的中国煤炭科工集团南京设计研究院，南京研究所成为南京设计研究院的二级子企业。